内源性物质药物：是体内天然存在的物质，包括维生素、激素、蛋白质及电解质类等，存在以下难点：1）如何将内源性药物与体内自然生成或其他来源（如饮食）的同类物质区分开；2）由于机体自身稳定机制，使其在不同时间的血药浓度存在一定周期性或随季节的变化而产生季节效应，如何进行试验设计和采集；3）在检测过程中，如何排除干扰取得真正不含待测物的基质等。
所以自身的特点就决定与一般口服的常释制剂开展生物等效性不同。对于内源性药物应先估算内源性化合物在血样中的基线值，再从给药后测得的总血药浓度中减去这一基线值，依此估算自药物释放的药量。但如何进行基线的采集和校正，是我们试验设计的要点，这直接影响试验等效的把握度。
1）若内源性化合物由机体产生且不具有昼夜节律性，应在每周期给药前至少采集三个空白采样点（建议在给药前24h采集3点），包括0点；
2）若内源性化合物由机体产生且具有昼夜节律性，应在每个给药周期前进行点对点采集；
3）若内源性化合物来源于食物：应在试验前及试验过程中严格控制该化合物自饮食摄入。受试者应自试验前即进入研究中心，统一标准化饮食。
1）应计算多点采集后浓度的平均值作为内源性物质的平均基线水平。给药后实测的浓度减去平均基线值作为校正后的结果；
2）昼夜规律性的药物采用给药后相同时间的浓度减去给药前相同基线的采样点浓度；
3）对于AUC的计算方法有两种：
a）给药后的血药浓度减去该内源物质平均的基础浓度或者点对点的浓度；
b）每一个给药后的 AUC 分别减去与之对应的基础水平的AUC。但无论采用哪种方式，AUC的计算必须是经过校正的。
4）若经过基线校正后血药浓度出现负值，无论是Tmax之前还是之后则以零计。校正前和校正后的数据应分别进行药代动力学参数计算和统计分析。采用校正后的数据进行生物等效性评价。
5）若出现校正后的浓度低于LLOQ，无论是Tmax之前还是之后均以0处理；另外若测定的基线值低于LLOQ，建议按0处理。
1）在给药前让受试者服用抑制体内的内源性物质的抑制剂，降低基线干扰，如服用抑制生长素的抑制剂，此时受试者的基线浓度不在进行校正；
2）选择内源性物质缺乏的研究人群的受试者；
3）限定含内源性化合物的饮食的摄入：食物的摄入必须严格标准化；
4）增大研究药物剂量：受试者接受远大于常规治疗量的研究药物，来增大外源性药物与内源性物质的浓度差，最大程度的降低内源性干扰。
关于内源性物质药物生物等效性的评价是以个体化为基础的，所以具体的品种应结合自身药物的特点和代谢进行基线的采集和校正，减少非药物因素的影响。但由于内源性药物生物等效性的评价难度较大，具有非常大的挑战性，因此需要不断探讨和总结更有效的生物等效性研究与评价方法，进一步促进我国仿制药与疗效一致性评价。
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